بلغ عدد مخطوطات المكتبة المركزية 1312 مخطوط مقسمة على النحو التالى:

1095 مخطوطاً عربيا أصلياً فى 1111 مجلداً مقسمة إلى 9 مجموعات فرعية (مجموعة المصاحف : 15 مخطوطا

، مجموعة جعفر والى : 682 مخطوطا ،

مجموعة عزيز سوريال : 156 مخطوطا ،

مجموعة ماكس مايرهوف : 144 مخطوطا ،

مجموعة الأميرة فايزة :61 مخطوطا ،

المجموعة العمومية : 22 مخطوطا ،

مجموعة دري باشا : 14 مخطوطا ،

مجموعة منير ولي : 11 مخطوطا ،

مجموعة المعهد الألماني : 6 مخطوطات)

بالاضافة الى مجموعة المخطوطات الواردة للمكتبة المركزية عام 1999 وعددهم 13 مخطوط (7تركي ‘1فارسي ‘ 4عربي ‘ 1مصور).

- 139 مخطوطاً شرقيا :

( مخطوطات تركية 115- مخطوطات فارسية 24) .

- 49 مخطوطا مصورا تم تصوير أغلبها نهاية القرن التاسع عشر وبداية القرن العشرين .

- 45 قطعة رق بداخل 44 برواز بعد الترميم.